transkription

Alla Inga Spara

• gen nukleotidsekvens i DNA som kodar för protein och olika RNA
• vad avgör genens längd och egenskaper regleringssekvenser
• transkription RNA syntes
• transkription för prokaryota celler 1 Rna polymeras, sigma faktor binder till polymeras och hittar promotorer, terminering kan vara rho beroende/oberoende
• traskription för eukaryota celler 3 olika RNA polymeras för olika typer av RNA syntes, ingen sigma, generella transkriptionsfaktorer, ingen rho
• hur inhiberas polymeras i prokaryoter rifampicin och actinomyosin D
• hur inhaberas eukaryota celler alfa-amanitin inhaberar RNAP II som tillverka mRNA
• vilka RNA polymeras har eukaryota RNAP I, II, III
• vilka rna typer tillverkar RNAP I rRNA
• RNAP II pre-mRNA, snRNA, miRNA
• RNAP III tRNA, 5s rRNA, snRNA
• mRNA kodar för protein
• rRNA formar ribosomen som katalyserar proteinsyntes
• microRNA miRNA reglerar genuttryck
• transfer RNA tRNA bär antikodon
• small interfering RNA siRNA skyddar mot virus
• long noncoding RNA lncRNA strukturella byggnadsställningar
• andra noncoding rna används i splitsning, genreglering
• vad heter den icke kodande mallen som liknad bildad RNA i DNA template strand
• vad heter den kodande delen av DNA som RNA byggs efter non template strand
• hur ser det ut under transkription? RNA-polymeras vrider upp dna och synteserar, har topoisomeras runt för att undvika veckar
• hur läser och kodar polymeraset dna strängen? läser 3-5, kodar 5-3
• transkriptionsenheten dna sekvens som ska transkriberas, börjar med promotor, slutar med terminator
• vad styr vilka gener som ska transkriperas och vart de är? behovet, genreglering
• promotorer prokaryota celler speciella sekvenser i -35 och -10 region
• vart startar transkribering? +1, TSS
• konsensus sekvens på -35 prokaryoter TCTTGACAT
• konsensus sekvens -10 regionen prokaryoter TATAAT
• vad brukar +1 oftast vara? A/G
• hur funkar sigmafaktorn/subenhetern? bunden till polymeras, promotorigenkänning, leder RNAP till start site, när den fäster släpps sigma, binder tillbaka till polymeras när transkribtionen är slut
• olika sigmafaktorer genreglering, går till olika promotorer efter behov, sigma 70 vanligast
• terminering av transkription prokaryoter rho beroende/oberoende
• rho beroende rho helikas destabiliserar bindning mellan DNA och nytt RNA så den släpps fri
• rho oberoende RNA bildar en G-C rik hairpin loop, följs av en sträcka med U, RNA och polymeraset lossnar, dna återgår till sin form
• hela transkriptions process för prokaryoter polymeras med sigma faktor binder till -35 och -10 sekvenser, DNA öppnas och en transkriptionsbubbla mellan -10 till 3 bildas, sigma släpper vid +10, elongering där bubbland förs f
• kärnpromotorer för eukaryota celler TATA box -30 och TSS +1 som känns igen av generella transkriptionsfaktorer
• vilka generella TF används för promotorerna -35 TDIIB, TATA box -35 TBP, TSS TFIID, +30 TFIID
• vad för TBP (subeneht av TFIID) TATA binding protein böjer DNA vid TATA box
• initiering av transkription i eukaryoter steg för steg .
• steg 1 TFIID känner igen promotorn som binder till TATA-boxen, TBP börjer DNA och skapar en plattform där de andra proteinerna kan samlas.
• steg 2 TFIIB ansluter till komplexet, placerar RNA-polymeras II vid rätt startpunkt så rätt sekvens kopieras
• steg 3 RNAP II kommer till promotorn med hjälp av TFIIB och TFIIF, fler faktorer ansluts, TFIIF stabiliserar RNAP och komplexet, TFIIE rekrytera och reglera TFIIH
• steg 4 TFIIH har helikasaktivitet, öppnar upp DNA så RNAP kommer åt
• steg 5 TFIIH har också kinasaktivitet, överför fosfatgrupp till andra proteiner, fosforylerar CTD på RNAP II, polymeraset övergår till elongering
• CTD C-termial domän, regleringsplattform, när den fosforyleras går polymeraset vidare
• hur aktiveras genen sedan? (i vissa fall) initiator komplex redo, specifik TF kopplar till enhancer som är reglerad sekvens, DNA böjs så specifik TF är vid initierings komplex, transkription aktiveras
• vad räknas detta specifika TF som? genreglering
• ad möjliggör genregleringen? mediatorkomplex, binder till CTD som sambandscentral mellan den och de specifika TF
• varför vill man ha genreglering? öka möjligheten för transkribering

Alla Inga Spara