LÄG051 - Genetik

Alla Inga Spara

• Hardy Weinbergs lag p+q=1, p² + 2pq + q² = 1
• translokation delar av två kromosomer byter plats med varandra. Uppstår som följd av reparation av DSB (double strand breaks) i DNA under meios.
• Balanserad translokation translokation utan bortfall av gener. Är oftast helt ofarlig men kan vara skadlig då det ger förändrat genuttryck
• Obalanserad translokation translokation där ett bortfall av gener sker. Är oftast dödlig i germline. Förekommer somatiskt men aldrig i germline hos vuxna individer. Kan medverka till uppkomst av cancer
• trisomier kromosomrubbning som innebär att man har 3 exemplar istället för 2 av någon kromosom i sina celler
• Mikrosatellit di-, tri- eller tetra-repeats (t.ex. TATATATATA). Finns väldigt många varianter i genomet → är väldigt polymorfa.
• Imprinting = epigenetiskt fenomen som innebär att uttryck av vissa gener beror på vilken förälder genen har nedärvts ifrån → endast den ena allelen av genen uttrycks.
• Mitos profas, metafas, anafas
• Meios Meios 1, Meios 2 profas, metafas, anafas 1 & 2
• Penetrans sannolikheten för att individer med en viss genotyp ska få det fenotypiska uttrycket.
• Ofullständig penetrans = alla som har genuppsättningen för en viss sjukdom blir inte sjuka. Kan bero på att utlösande faktorer saknas
• Variabel expressivitet variation i graden av svårighet för en genetisk sjukdom.
• kongenital medfödd
• Homologa kromosomer 2 skilda kromosomer i samma cell, är lika långa och innehåller samma gener i samma locus.
• Systerkromatider 2 identiska DNA-kedjor som sitter ihop med centromerer*, bildas när en enskild kromosom replikeras under celldelning
• Karyotyp Beskriver antal kromosomer, könskromosomer och alla avvikelser. Är resultatet av karyotypering
• Kromosom DNA-molekyl, finns 46 st kromosomer i friska humana celler. Är olika packade i olika delar av cellcykeln
• Kromatin DNA + associerade proteiner. Associerade proteiner finns för att skydda DNA samt för att förpacka DNA så att det tar mindre plats
• Nukleosomer ”pärlor” eller klumpar av DNA, består av klumpar av proteiner kring vilket DNA har lindats 1.75 varv. 1 nukleosom består av 8 histoner (globulära proteiner) och associerat DNA
• aneuploid numeriska kromosomavvikelser tex trisomi (om autosomal är diploid är den euploid)
• Strukturella (segmentella) kromosomavvikelser kromosomavvikelser som t.ex. innebär mikro- deletioner eller mikroduplikationer i vissa kromosomsegment. Kan ge upphov till många olika tillstånd beroende på vilken kromosom som är påverkad
• Non-disjunction homologa kromosomer lossnar inte från varandra under meios 1. Detta är orsaken till 70% av fallen. av trisomi
• Translokation delar av två kromosomer byter plats med varandra. Uppstår som följd av reparation av DSB (double strand breaks) i DNA under meios.
• Robertsonsk translokation kromosomavvikelse som innebär translokation mellan akrocentriska kromosomer (#13, 14, 15, 21, 22). De långa armarna (q) i 2 icke-homologa akrocentriska kromosomer fuserar vid centromeren → bortfall av respektive korta armar (p).
• Mutationsscreening 1)ge en genetisk diagnos, 2)förväntat förlopp av sjukdomen, 3)anlagstestning av andra familjemedlemmar4)Fosterdiagnostik kan erbjudas vid en graviditet
• Compound heterozygot The presence of two different mutated alleles at a particular gene locus.
• foundermutation har uppstått någon gång i historien hos en individ och sedan nedärvts till de individer som bär den idag.
• De novo metyltransferas använder ometylerat DNA som substrat, är framför allt viktig under fosterutveckling → ger upphov till en individs metyleringsmönster
• Maintenance metyltransferas (DNMT1) använder hemimetylerat DNA som substrat → metyleringsmönster bevaras vid replikation. Är viktig i varje celldelning under hela livet
• Metylerings-specifika restriktionsenzymer. Vissa restriktionsenzymer vars recognition sites innehåller CpG-dinukleotider kan endast klyva DNA om denna site är ometylerad.
• Bisulfit-sekvensering När DNA behandlas med natriumbisulfit under kontrollerade former deamineras cytosin till uracil, men metylerat cytosin är resistent mot reagenset.
• Histoner globulära proteiner som bygger upp nukleosomer. 1 nukleosom består av totalt 8 histoner ett par av H2A, H2B, H3 respektive H4
• Histon H1 histon som ej finns i själva nukleosomen, utan sitter ovanpå strukturen och håller det DNA som tvinnats kring nukleosomen på plats → fungerar som ett lås
• Writers enzymer som utför epigenetiska modifieringar i form av metylering, fosforylering och acetylering
• Readers proteiner som dockar till och tolkar de epigenetiska signalerna Exempel: BRD4, MECP2
• Erasures enzymer som tar bort epigenetiska modifieringar Exempel: histon deacetylas, KDM1A
• Housekeeping non-coding RNA = RNA som är är involverade i mRNA-translation och mRNA-processing, har alltså ingen regulatorisk roll Exempel: tRNA, rRNA (ribosomalt RNA) och snRNA
• Regulatory non-coding RNA RNA som är viktiga för genreglering. Delas i 2 huvudgrupper: Small non-coding RNA (sncRNA), Long non-coding RNA (lncRNA)
• Small non-coding RNA (sncRNA) RNA som är ca 18-31 nukleotider långa, är högt konserverade. Fungerar genom att specifikt baspara med sina ”mål”
• Long non-coding RNA (lncRNA) RNA som är ca 200 nukleotider långa, är mindre konserverade än short non-coding RNA.
• kromatin Aktiva delar ligger mer centralt → loopar in mot cellkärnan
• kromatin Inaktiva delar ligger an mot kärnmembranet
• TAD = topologically associating domains regioner i cellkärnan vars DNA-sekvenser tenderar att interagera med varandra
• Imprinting epigenetiskt fenomen som innebär att uttryck av vissa gener beror på vilken förälder genen har nedärvts ifrån → endast den ena allelen av genen uttrycks.
• imprinting Baseras på nedärvning av metyleringsmönster på DNA.
• Prader-Willis syndrom sjukdom som bl.a. ger kortvuxenhet, fetma, skolios, skelning samt en onormalt låg produktion av könshormoner. Uppstår om deletionen finns på paternell kromosom 15
• Angelmans syndrom sjukdom som ger svår fysisk och intellektuell funktionsnedsättning. Uppstår om deletionen finns på maternell kromosom 15
• PW och angelmans SNRPN och NDN som endast uttrycks på den paternella kromosomen • UBE3A som endast uttrycks på den maternella kromosomen
• Prader-Willis syndrom Deletion(av paternell allel), Uniparentell disomi, Mutation i imprinting center (IC)
• Uniparentell disomi Trisomy rescue, Monosomy rescue.
• Uniparentell disomi man har 2 kopior av en kromosom
• Trisomy rescue. Vissa celler kommer då uppvisa uniparentell disomi med avseende på maternell kromosom 15 → Prader-Willis syndrom
• Monosomy rescue. Alla celler kommer då uppvisa uniparentell disomi med avseende på paternell kromosom 15
• The genetic conflict hypothesis Tillväxtfaktorn IGF-2 kan binda till: • IGF-1-receptorn → tillväxt stimuleras • IGF-2-receptorn → tillväxt bromsas
• Genen för IGF-2 uttrycks normalt endast på paternell kromosom pga är imprintad på maternell kromosom
• Genen för IGF-2-receptorn uttrycks normalt endast på maternell kromosom pga är imprintad på paternell kromosom
• Proband Uttrycket används även inom medicinsk genetik och syftar då på den individ varigenom en viss genetisk förändring upptäcks
• obligat bärare is an individual who may be clinically unaffected but who must carry a gene mutation based on analysis of the family history(recessiv autosomal eller x)
• Penetrans beteckna sannolikheten för att en individ med en viss genvariant ska få det fenotypiska uttrycket.
• Proband: index-individen. Dvs individ som söker sjukvården först. Markeras med pil på pedigree
• Obligat bärare En frisk person som bär på anlag för sjukdomen, kan bero bland annat på att personen inte fått sjukdomen
• Ofullständig penetrans Penetrans är sannolikheten att en genotyp får ett visst fenotyp uttryckt, ofullständig penetrans är därför att att individer som en viss genuppsättning för någon sjukdom blir inte sjuka
• Compound heterozygote Att en individ som har två sjuka alleler (olika alleler alltså) i något locus, får samma sjukdom som en homozygot trots att de sjuka allelerna är olika. Beror på frånvaro av en frisk allel som kompenserar för denna funktion
• Nondisjunction is the failure of homologous chromosomes or sister chromatids to separate properly during cell division.
• There are three forms of nondisjunction failure of a pair of homologous chromosomes to separate in meiosis I, failure of sister chromatids to separate during meiosis II, and failure of sister chromatids to separate during mitosis.
• ORF står för open reading frame är en sekvens av aminosyror som börjar med metionin (startkodonn) och slutar med stopkodon
• ORF analys metod för att hitta ORF (exempelvis i vår datalab fick vi markeringar med rött) på en sekvens vi ger datorn.
• frames sex olika förslag på möjliga läsramar. Tre olika som går 3'5' och tre andra 5'3'. Man läser från första bas och framåt från båda ändar, sedan skippar man bas/baser och läser om => man får sex olika kombinationer.
• "frames" You�ll be presented with the results of translation for all six possible reading frames for you sequence (three on the top strand (5�3�) and three for the complementary strand (3�5�)
• Klonal-expansionsteorin i tumörprogression betyder att cellen ackumulerar flera mutationer löpande under utvecklingen
• Fusionsgener gen som bildats genom att två gener, eller delar av sådana, från olika kromosomer sammanfogats som följd av translokation
• speciFicitet är andelen Friska individer som får rätt analyssvar
• Sensitivitet andelen Sjuka individer som fått rätt analyssvar
• kopplingsanalys. genetisk analysmetod där man letar efter segment på kromosomer som nedärvs tillsammans inom en familj. Finns 2 typer av kopplingsanalys:
• Parametrisk kopplingsanalys traditionell kopplingsanalys, innebär att sannolikheten att en gen som är viktig för sjukdom finns i nära anslutning till en viss markör → analyseras med hjälp av LOD score*
• Icke-parametrisk kopplingsanalys kopplingsanalys där man studerar sannolikheten att en allel är identical by descent med den själv
• Allelfrekvens → p+q+r=1
• Genotypfrekvens p 2 + q 2 + r 2 + 2pq +2pr + 2rq
• IBS→ identical by state Två alleler ser lika ut men kommer inte från samma anfader
• IBD→ identical by descent. Alleler är identiska och kommer från en och samma anfader.
• Kaskadscreening kaskadscreening initieras. I praktiken blir det indexpatientens uppgift att kontakta sina släktingar och informera om sjukdomen eftersom diagnossättande läkare inte är behandlingsansvarig för släktingar.
• Reciprok translokation två delar på två olika kromosomer byter plats med varandra.
• t klonala expansion teorin Detta då en normal cell muterar vid mitos så att den växer snabbare, många celler klarar inte av detta och kommer dö men vissa överlever och kommer bli mer och mer odödliga
• tumörcell r genetiskt heterogen och består ofta av flera olika kloner.
• kaspaser En familj intracellulära cysteinproteinaser. De har en nyckelroll vid inflammationer och apoptos hos däggdjur, och är specifika för asparaginsyra vid position P1.
• hayflick limit Detta gör att normala celler har ett delningsstopp
• partial paralysis of the lower limbs. partial paralysis of the lower limbs.
• ”kontraktur” Att inte kunna böja eller sträcka ut en led maximalt kallas
• MERRF Myoclonus Epilepsy with Ragged-Red Fibers jerking spasms, muscle weakness (myopathy), an impaired ability to coordinate movements (ataxia), seizures, and a slow deterioration of intellectual function (dementia)
• MERRF punktmutation i en tRNA för lysin. Detta gör att lysin inte kan inkorporeras i protein→ samtliga gener blir defekt
• a autosomalt dominanta mitokondriesjukdomar inte relaterade till mtDNA utan de uppkommer av exempelvis en punktmutation i genen som kodar för polymeras Y, långsam replikation
• autosomalt dominanta mitokondriesjukdomar tymidinkinas 2, TK2. Detta enzym behövs för återanvändningen av dNTP.
• Brist på komplex 2 är en autosomalt recessiv sjukdom Ansträngningsintolerans, ➔ Ingen ork, ➔ Smärta, ➔ Fel i metabolismen
• Autosomala mitokondriesjukdoma beror alltså inte på mtDNA:t vilket gör att de både kan nedärvas partentellt och maternellt. Man kan få dessa sjukdomar av mutationer i proteiner som är viktiga för 51 mtDNA-replikation→ twinkle och POLG
• Genetiska anlag kan vara: ➔ Diskontinuerliga mendeliska egenskaper, antingen har man sjukdomen eller inte.
• Genetiska anlag kan vara: ➔ Kontinuerliga beror på fenotyp-genotyp korrelation
• quantitative trait locus (QTL) is a locus (section of DNA) that correlates with variation of a quantitative trait in the phenotype of a population of organisms.
• Genetiska komplexa anlag kan vara: ➔ Heterogena → mutationer i flera olika gener ger samma symtom
• Genetiska komplexa anlag kan vara: ➔ Polygena gener samverkar för att ge upphov till sjukdom/egenskap
• Genetiska komplexa anlag kan vara: ➔ Multifaktoriella flera gener + yttre faktorer
• KUB kombinerat ultraljud och blodprov. Detta ger en sannolikhetsberäkning för downs syndrom
• Somatisk genterapi → överföring av en sektion DNA till vilken cell i kroppen som inte producerar ägg och spermier. Detta kommer inte överföras till barnet
• Germline genterapi Man överför en bit DNA till en könscell. Överförs till barnet
• Genterapi: genutbyte man tar in en fungerande gen till en cell utan en fungerande gen. Detta är endast effektivt om sjukdomen är reversibel eller inte har resulterat i en varaktig skada
• Genterapi: geninhibering görs på celler som har en felaktig gen som producerar för mycket av sin produkt. Man använder RNA för detta. Går att göra vid cancer då man hämmar onkogener
• Genterapi: döda specifika celler döda cancerceller. Man tillsätter då en självmordsgen till cellen man vill döda.
• Genterapi: genredigering man vill ändra en gen som finns.
• Spinal muskelatrofi, SMA ärftlig autosomalt recessiv muskelsjukdom
• SMA Farmakodynamiken bakom detta är att motoriska nervceller i mellanhjärna, förlängda märgen och ryggmärgen bryts ned. Detta leder till muskelsvaghet och muskelförtvining (atrofi)
• SMA på kromosom 5 och det är en duplication som har skett. Det involverar generna SMN1 och SMN2(exon7spliceasbort)
• SMA typ 1→ före 6 mån, Dessa har en homozygot deletion av SMN1 men 2 kopior av SMN2.
• SMA typ 2→ 6-18mån, Dessa har ingen SMN1:a men har 3-4 SMN2:o
• SMA typ 3→ efter 18 mån, Dessa har ingen SMN1 men 4 SMN2.
• anticipation expansionen ökar vid nedärvning
• ipom benign tumör i underhuden utgående från fettceller (adipocyter). Förekomst: Är den vanligaste subkutana mjukvävnadstumören.
• Ragged Red Fibers clumps of diseased mitochondria accumulate in the subsarcolemmal region of the muscle fiber and appear as "Ragged Red Fibers" when muscle is stained with modified Gömöri trichrome stain.
• Amenorré nnebär frånvaro av tre eller fler menstruationer hos i övrigt fertila kvinnor.
• Heritabilitet är ett statistiskt mått på hur väl en individs fenotyp korrelerar med dess genetiska variation
• Penetransen m hur ofta en genetisk variation i en population ger upphov till en viss fenotyp
• sangersekvensering använder PCR Man använder sangersekvensering för att undersöka enstaka mutationer i gener.
• Next generation sequencing NGS resultatet utläser man från en dator och jämför resultatet mot en databas för att se om det har skett någon mutation på ett specifikt ställe. Med NGS kan man titta på: ➔ Hela genomet, WGS. ➔ Alla exon, WES. ➔ Specifik gen, ➔ RNA sekvensering
• Microarray tillhör NGS
• NGS används för att detekter deletioner, Insertioner, ➔ Missense-mutationer, ➔ Inversioner.
• MLPA r dilatationer och/eller duplikationer i exon, obligat bärare. Om personen är en obligit bärare kommer det synas en hälften så lång stolpe på det slutgiltiga diagrammet man får ut.
• FISH används för att detektera dilatationer eller duplikationer av relativt stora DNA-sekvenser. Man kan även upptäcka translokationer med denna metod. Metoden innebär: 1. Kromosomer placeras på ett plexiglas genom karyotypering
• Autozygositet är ett begrepp som anger hur stor del av en gensekevens eller en individs totala DNA som är identical by descent, alltså homozygota gener som är orsakat av konsanguinitet
• Positionell kloning används för att detektera ett autosomalt dominant nedärvningsmönster
• Autozygosity is a term used to denote alleles or chromosomal segments of DNA that are identical (homozygous by descent) as a result of inheritance through consanguinous mating
• haplotype a set of genetic determinants located on a single chromosome
• haplotype (haploid genotype) is a group of alleles in an organism that are inherited together from a single parent
• G-banding technique in cytogenetics to produce a visible karyotype by staining condensed chromosomes. It is useful for identifying genetic diseases through the photographic representation of the entire chromosome complement.[
• gonadal mosaicism s a type of genetic mosaicism where more than one set of genetic information is found specifically within the gamete cells

Alla Inga Spara