Biokemi

Alla Inga Spara

• Primärstruktur Sekvensen av aminosyror i en peptid/protein
• Sekundärstruktur Visar hur olika delar i kedjan sitter ihop.
• Tertiärstruktur Anger koordinater för samtliga atomer i ett protein och stabiliseras främst av interaktioner mellan sidokedjor.
• α-helix Sekundärstruktur stabiliserad av H-bindningar mellan peptidgrupper, 3, 6 aa/varv
• Betastruktur struktur som främst utgörs av betasträngar och betaflak.
• Antiparallell betastruktur Sekundärstruktur stabiliserad av H-bindningar mellan peptidgrupper
• Subenhet En kedja hos ett protein som består av minst två kedjor
• pl Isoelektrisk punkt, det pH där en molekyls/peptids/polypeptids nettoladdning är 0
• Disulfidbindning Kovalent bindning mellan två Cys, -S-S –
• Anjonbytare Positivt laddad jonbytarmassa till vilken förningar med negativ laddning binder
• Katjonbytare typ av jonbyteskromatografi en katjonbytare är negativt laddad och binder in proteinermed positiv nettoladdning. Separation med avseende på pI.
• Hårnålsöggla sekundärstruktur stabiliserad av H-bindning mellan aa1 och aa4. En hårnålsögla är alltid fyraaa lång
• Peptidbindning Bindning som uppstår mellan två molekyler då en karboxylgrupp reagerar med en aminogrupp. Ett specialfall av amidbindning.
• pKa Syrakonstant, anger styrkan hos en syra ie n lösning. högre pKa = starkare syra
• Domän En egen, oberoende veckningsenhet inom dentertiära strukturenav ett protein.
• Kvartärstruktur Organisationen av två eller flera polypeptidkedjor inom ett multisubunitprotein. Stabiliseras av interaktioner mellan subenheter av typen; H-bindning, jonbindning, van der Waal och ev. disulfidbryggor.
• Jonbyteskromatografi Kromatografimetod som separerar efter laddning, dvs proteiner med olika pI kan separeras. Finns 2 typer, anjonbytare och katjonbytare.
• Katabolism En metabol process som bryter ner molekyler –ger energi
• Reduktionspotential Förmågan hos ett ämne att reduceras (ta upp e-). Hög reduktionspotential = hög benägenhet att ta upp ta upp e-.
• Kofaktor Liten molekyl (ej protein) som behövs för att enzymet skall kunna katalysera reaktionen.
• Aktiva ytan Del av strukturen i ett enzymsom binder in substrat och där själva den katalyserade reaktionen sker.
• Proteolytisk aktivitet Då proteinets polypeptidkedja klyvs för att aktivera enzymet/proteinet
• Oxidativ fosforylering Elektrontransportkedjan + ATP-syntas –ger produktion av ATP
• Amfibol process Process som fungerar i både nedbrytand eoch uppbyggande syfte. Alltså som både är katabol och anabol.
• Katabol process Nedbrytande process - ger energi
• Anabol process Uppbyggande process - kräver energi
• Affinitetskromatografi separation med avseende på biologisk funktion att icke-kovalent bygga ligand.
• Gelfiltreringskromatografi Separation med avseende på storlek (störst först!).
• Viktiga B-vitaminer B1: Tiamin, B2: riboflavin, B3: niacin, B7: biotin
• Cellandningens sista steg Elektrontransportkedjan
• Aminosyra En kemisk förening som innehåller både en aminogrupp och en karboxylgrupp.
• Biologiska membraner plasmamembran och interna membran.
• Oxidationsmedlena NAD+ och FAD
• Vad är ett oxidationsmedel? Ett oxidationsmedel oxiderar ett annat ämne samtidigt som det själv reduceras.
• Kolhydrater Uppbyggda av monosackarider av 3-9 kolatomer och minst två hydroxylgrupper. Fungerar främst för energilagring och som strukturelement.
• Anaplerotisk reaktion En slags påfyllande reaktion om det finns låga nivåer av någon central metabolit.
• ATP Universal energirik molekyl i biologiska system.
• Varför är ATP energirik? Innehåller fyra negativa laddningar i närheten av varandra - krävs mycket energi att hålla ihop molekylen.
• ATP-syntas Katalyserar bildning av ATP so drivs av en protongradient.
• Coricykeln Process där laktat från musklerna omvandlas till glukos i levercellerna.
• Glukoneogenesen Process som leder till bildandet av glukos till pyruvat. sker i cytosolen.
• Glukolysen Reaktionsekvens som leder till nedbrytning av glukos till pyruvat. Glukos - pyruvat - AcetylCoA
• Glykolysen stadie 1 Glukos fosforyleras av ATP och klyvs.
• Glykolysen stadie 2 Glyceraldehyd-3-fosfat oxideras och omvandlas till pyruvatjoner. Sker 2 gånger.
• N-terminal och C-terminal N-terminal = "aminoterminal", C-terminal="karboxylterminal"
• Oxidativ fosforylering komplex I NADH + H+ oxideras till NAD+, H+ pumpas ut utanför det inre membranet, e- transporteras till komplex Q (ubikinon)
• Oxidativ fosforylering komplex II Oxidation av succinat till fumarat, e- transporteras till komplex Q (ubikinon), sker i steg 6 i citronsyracykeln!
• Oxidativ fosforylering komplex III Ytterligare H+ pumps ut, e- transporteras till Cytokrom C
• Oxidativ fosforylering komplex IV e- faller ogenom komplexet, 1/2 o2 + 2H+ + 2e- -> H2= bildas, energi frigörs - ytterligare H+ pumpas ut.
• Proteiner Består av aminosyror, beståndsdel i allt levande.
• G-proteiner Består av tre subenheter, G-alfa, G-beta och G.gamma. en grupp av proteiner som medverkar i cellens signaleringssystem. Kan binda inaktivt GDP och Aktivt GTP.
• Zwitterjon Jon som innehåller både en positiv och en negativ laddning på olika atomer.
• Proteolys Sönderdelning av en polypetid till mindre peptider och fria aminosyror.
• Transaminering Metabolism av aminosyror, en aminogrupp flyttas från en aminosyra till en ketosyra.
• Deaminering Metabolism av aminosyror, en amingrupp tas helt bort från en aminosyra.
• Citronsyracykeln En serie biokemiska reaktioner i levande celler, sker i mitokondriematrix.
• Citronsyrecykeln steg 1 kondensation, avetylCoA reagerar med oxaloacetat och bildar citrat (citronsyra)
• Citronsyrecykeln steg 2 Isomerisering, citratjonen omvandlas till isocitrat.
• Citronsyrecykeln steg 3 oxidation och dekarboxylering, Isocitart oxideras av NAD+ och alfaketolutarat, NADH+ H+, och koldioxid bildas.
• Citronsyrecykeln steg 4 Oxidation, dekarboxylering och koppling till CoA. Alfa-ketoglutarat oxideras av NAD+. NADH+ H+ bildas och koldioxid avgår. HS-CoA binder in - succinyl-CoA bildas.
• Citronsyrecykeln steg 5 Omvandling, HS-CoA kopplas los från succinylresten. succinat och ATP/GTP bildas.
• Citronsyrecykeln steg 6-8 Återbildning av oxaloacetat, Succinat oxideras tillbaka till oxaloacetat. FADH2 och NADH + H+ bildas.

Alla Inga Spara