Bioinformatik - Comparative modelling

Övningen är skapad 2022-05-31 av PopcornDidde. Antal frågor: 6.

Klicka

Lär dig orden

Skriv

Stava orden

Lyssna

Lyssna

Spel

Spela spel

Skriv ut

Öva på papper



Välj frågor (6)

Vanligtvis används alla ord som finns i en övning när du förhör dig eller spelar spel. Här kan du välja om du enbart vill öva på ett urval av orden. Denna inställning påverkar både förhöret, spelen, och utskrifterna.

Alla Inga

  • Step 0 Get to know your protein.
  • Step 1 Sequence search. Find proteins with known 3D structures that are homologous (>40% identity) to your target sequence
  • Step 2 MSA & template selection. Make an MSA with target and multiple homologous sequences (with known 3D). Select the longest matching sequence as template. Run PSA on template and target.
  • Step 3 Build a 3D model. Use template and PSA to build new 3D model. Replace non-identical aa with those from target.
  • Step 4 Optimization. Optimize model, in silico testing.
  • Step 5 Validation. Checking if factors make sense. Ramacandran, bond lengths, bond angles, steric clashes. If necessary, repeat steps 2 and 3.

Alla Inga

(
Utdelad övning

https://glosor.eu/ovning/bioinformatik-comparative-modelling.10974615.html

)