2. DNA : 3 R

Alla Inga Spara

• Vilka är de 3:R? replikation, rekombination, reparation
• Vad sker vid replikation? de två strängarna i DNA-molekylen separeras och varje sträng fungerar sedan som en mall för syntes av en ny sträng
• Vad är DNA-polymeras? viktigt enzym som arbetar på DNA-mallen där nya nukleotider införlivas vilket resulterar i en ny DNA-sträng
• Vid replikation uppstår en Y-struktureras "replikationsgaffel" - vilket problem uppstår då? riktningen på replikationen
• Vid replikation av "den ledande strängen" : 5' till 3', växer kontinuerligt
• Replikation av "the lagging strand" : 5' till 3', i små Okazakifragment
• Vad sker vid Okazaki på "the lagging side"? DNA-primas bildar korta segment av RNA på DNA-mallen. DNA-polymeras kommer och förlänger primern och bildar okazakifragment tills den når ett tidigare RNA-fragmentet. sedan tar RNaseH bort RNA och DNA-polymeras forsätter. till sist stänger DNA-ligas gapet mellan fragmenten
• Vad gör DNA-primas? gör små RNA-segment
• Vad gör RNaseH? tar bort RNA
• Vad gör DNA ligas? stänger gapet
• Vad gör DNA helicase? öppnar dsDNA
• Vad gör single-stranded DNA binding proteins? stabiliserar den öppna helixen, binder till ett specifikt DNA-fragment och gör den rak så att DNA-polymeras ska kunna göra sitt jobb
• Vad gör the sliding clamp? hjälper DNA-polymeras att glida på DNA
• Vad gör the clamp loader? hjälper the sliding clamp att monteras på DNA
• Hur öppnas helixen vid replikation? helicase som hydrolyserar ATP och använder the confirmation change för att kunna röra sig på DNA och öppna upp den
• Vad är the winding problem och hur löser man det? när man tar isär dubbelhelixen av DNA uppstår en torsional stress på molekylen. löser det med topoisomeraser
• Vad är Topo I? löser spänningsproblemet genom att svepa runt DNA och göra ett snitt vilket låter helixen att snurra, när DNA är avslappnat sätter topo I ihop strängen igen
• Vad är Topo II? dubbelsträngsbrytare för sammanlåsta DNA-heliker, släpper spänningen för båda DNA-strängarna
• Reparation : om fel uppstår vid replikation vad används då och vad innebär den? exonukleolytisk korrekturläsning, om fel bas har tagits in skärs nukleotiden ut och rätt nukleotid införlivas
• Vad händer om den exonukleoytiska korrekturläsningen misslyckas? Och vad gör den? strand-directed mismatch repair system, mutSLH kommer för att korrigera fel nukleotid och behöver då veta vilken som är den korrekta strängen
• Hur får strand-directed mismatch repair system, mutSLH reda på vilken som är den "korrekta" strängen? DNA metyleras mellan DNA-cykler. proteinet mutS hittar felet och då kommer mutH som gör en "nick" på den ickemetylerade strängen. sedan kommer mutL som hittar nicken och skär upp strängen från nicken mot felet

Alla Inga Spara