Biokemi

ReduktionspotentialFörmågan hos ett ämne att reduceras (ta upp e-). Hög reduktionspotential = hög benägenhet att ta upp ta upp e-.

G-proteinerBestår av tre subenheter, G-alfa, G-beta och G.gamma. en grupp av proteiner som medverkar i cellens signaleringssystem. Kan binda inaktivt GDP och Aktivt GTP.

Aktiva ytanDel av strukturen i ett enzymsom binder in substrat och där själva den katalyserade reaktionen sker.

Hårnålsögglasekundärstruktur stabiliserad av H-bindning mellan aa1 och aa4. En hårnålsögla är alltid fyraaa lång

plIsoelektrisk punkt, det pH där en molekyls/peptids/polypeptids nettoladdning är 0

TertiärstrukturAnger koordinater för samtliga atomer i ett protein och stabiliseras främst av interaktioner mellan sidokedjor.

Katjonbytaretyp av jonbyteskromatografi en katjonbytare är negativt laddad och binder in proteinermed positiv nettoladdning. Separation med avseende på pI.

KvartärstrukturOrganisationen av två eller flera polypeptidkedjor inom ett multisubunitprotein. Stabiliseras av interaktioner mellan subenheter av typen; H-bindning, jonbindning, van der Waal och ev. disulfidbryggor.

Citronsyrecykeln steg 2Isomerisering, citratjonen omvandlas till isocitrat.

Biologiska membranerplasmamembran och interna membran.

KatabolismEn metabol process som bryter ner molekyler –ger energi

Citronsyrecykeln steg 3oxidation och dekarboxylering, Isocitart oxideras av NAD+ och alfaketolutarat, NADH+ H+, och koldioxid bildas.

Citronsyrecykeln steg 1kondensation, avetylCoA reagerar med oxaloacetat och bildar citrat (citronsyra)

CitronsyracykelnEn serie biokemiska reaktioner i levande celler, sker i mitokondriematrix.

PeptidbindningBindning som uppstår mellan två molekyler då en karboxylgrupp reagerar med en aminogrupp. Ett specialfall av amidbindning.

Viktiga B-vitaminerB1: Tiamin, B2: riboflavin, B3: niacin, B7: biotin

ProteinerBestår av aminosyror, beståndsdel i allt levande.

Citronsyrecykeln steg 4Oxidation, dekarboxylering och koppling till CoA. Alfa-ketoglutarat oxideras av NAD+. NADH+ H+ bildas och koldioxid avgår. HS-CoA binder in - succinyl-CoA bildas.

Oxidativ fosforylering komplex IIIYtterligare H+ pumps ut, e- transporteras till Cytokrom C

TransamineringMetabolism av aminosyror, en aminogrupp flyttas från en aminosyra till en ketosyra.

SubenhetEn kedja hos ett protein som består av minst två kedjor

Betastrukturstruktur som främst utgörs av betasträngar och betaflak.

Oxidativ fosforyleringElektrontransportkedjan + ATP-syntas –ger produktion av ATP

Oxidativ fosforylering komplex IIOxidation av succinat till fumarat, e- transporteras till komplex Q (ubikinon), sker i steg 6 i citronsyracykeln!

ATP-syntasKatalyserar bildning av ATP so drivs av en protongradient.

Proteolytisk aktivitetDå proteinets polypeptidkedja klyvs för att aktivera enzymet/proteinet

Oxidativ fosforylering komplex INADH + H+ oxideras till NAD+, H+ pumpas ut utanför det inre membranet, e- transporteras till komplex Q (ubikinon)

Citronsyrecykeln steg 5Omvandling, HS-CoA kopplas los från succinylresten. succinat och ATP/GTP bildas.

N-terminal och C-terminalN-terminal = "aminoterminal", C-terminal="karboxylterminal"

CoricykelnProcess där laktat från musklerna omvandlas till glukos i levercellerna.

OxidationsmedlenaNAD+ och FAD

Cellandningens sista stegElektrontransportkedjan

Katabol processNedbrytande process - ger energi

PrimärstrukturSekvensen av aminosyror i en peptid/protein

GlukoneogenesenProcess som leder till bildandet av glukos till pyruvat. sker i cytosolen.

Antiparallell betastrukturSekundärstruktur stabiliserad av H-bindningar mellan peptidgrupper

ATPUniversal energirik molekyl i biologiska system.

GlukolysenReaktionsekvens som leder till nedbrytning av glukos till pyruvat. Glukos - pyruvat - AcetylCoA

Glykolysen stadie 2Glyceraldehyd-3-fosfat oxideras och omvandlas till pyruvatjoner. Sker 2 gånger.

Vad är ett oxidationsmedel?Ett oxidationsmedel oxiderar ett annat ämne samtidigt som det själv reduceras.

AminosyraEn kemisk förening som innehåller både en aminogrupp och en karboxylgrupp.

Varför är ATP energirik?Innehåller fyra negativa laddningar i närheten av varandra - krävs mycket energi att hålla ihop molekylen.

Citronsyrecykeln steg 6-8Återbildning av oxaloacetat, Succinat oxideras tillbaka till oxaloacetat. FADH2 och NADH + H+ bildas.

KolhydraterUppbyggda av monosackarider av 3-9 kolatomer och minst två hydroxylgrupper. Fungerar främst för energilagring och som strukturelement.

Anabol processUppbyggande process - kräver energi

DeamineringMetabolism av aminosyror, en amingrupp tas helt bort från en aminosyra.

JonbyteskromatografiKromatografimetod som separerar efter laddning, dvs proteiner med olika pI kan separeras. Finns 2 typer, anjonbytare och katjonbytare.

SekundärstrukturVisar hur olika delar i kedjan sitter ihop.

Affinitetskromatografiseparation med avseende på biologisk funktion att icke-kovalent bygga ligand.

Anaplerotisk reaktionEn slags påfyllande reaktion om det finns låga nivåer av någon central metabolit.

Oxidativ fosforylering komplex IVe- faller ogenom komplexet, 1/2 o2 + 2H+ + 2e- -> H2= bildas, energi frigörs - ytterligare H+ pumpas ut.

Glykolysen stadie 1Glukos fosforyleras av ATP och klyvs.

ProteolysSönderdelning av en polypetid till mindre peptider och fria aminosyror.

ZwitterjonJon som innehåller både en positiv och en negativ laddning på olika atomer.

DisulfidbindningKovalent bindning mellan två Cys, -S-S –

α-helixSekundärstruktur stabiliserad av H-bindningar mellan peptidgrupper, 3, 6 aa/varv

KofaktorLiten molekyl (ej protein) som behövs för att enzymet skall kunna katalysera reaktionen.

Amfibol processProcess som fungerar i både nedbrytand eoch uppbyggande syfte. Alltså som både är katabol och anabol.

DomänEn egen, oberoende veckningsenhet inom dentertiära strukturenav ett protein.

AnjonbytarePositivt laddad jonbytarmassa till vilken förningar med negativ laddning binder

GelfiltreringskromatografiSeparation med avseende på storlek (störst först!).

pKaSyrakonstant, anger styrkan hos en syra ie n lösning. högre pKa = starkare syra